新生儿慢性咳嗽的处理原则是明确病因，针对病因进行治疗。如病因不明，可进行经验性对症治疗以期达到有效控制；如果治疗后咳嗽症状没有缓解，应重新评估。
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慢性咳嗽如伴有痰，应以祛痰为原则，不能单纯止咳，以免加重或导致气道阻塞，可以选用N-乙酚半胱氨酸、盐酸氨澳索、愈创木酚甘油醚和中药祛痰剂等。
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如氯苯那敏、氯雷他定、西替利嗦等。
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明确为细菌或肺炎支原体、衣原体病原感染的慢性咳嗽者可考虑使用抗菌药物。
肺炎支原体或衣原体感染者可选择大环内醋类抗生素，包括红霉素、阿奇霉素、克拉霉素等。
其他病原菌感染在初始经验治疗后，如需调整抗生素，应按药敏试验结果选用。
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包括糖皮质激素、β2受体激动剂、M受体阻断剂、白三烯受体拮抗剂、茶碱等药物。主要用于CVA、EB、过敏性鼻炎等的针对性治疗。糖皮质激素治疗2～周后要再评估。
感染后咳嗽一般可自行缓解，对症状严重者可考虑短期使用吸入或口服糖皮质激素、白三烯受体拮抗剂或M受体阻断剂。
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主张使用H受体拮抗剂如西咪替丁和促胃动力药如多潘立酮等。
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慢性咳嗽尤其在未明确病因前不主张使用镇咳药，且该类药物的使用与一些疾病的发病率和死亡率有关，美国儿科学会警示，可待因禁用于治疗各种类型的咳嗽。
非那根的镇静作用有可能误导家长，应用该药减少孩子的吵闹而忽视了该药的不良反应，包括烦躁、幻觉、肌张力异常，甚至呼吸暂停、婴儿猝死。
不良反应在婴儿中表现明显，致WHO提出警告：非那根禁用于2岁以下儿童，禁止作为镇咳药物。
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不论是那种咳嗽，都应该积极让宝宝喝水，不要等口渴了才想到喝水。宝宝引用足够量的水，能使黏稠的分泌物得以西式，容易被咳出。
同时，喝水能改善血液循环，使机体代谢产生的废物或毒素迅速排出体外，从而减轻对呼吸道的刺激。
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家里要定时开窗通风，还要保持室内适度，有利呼吸道粘膜保持湿润状态和粘膜表面纤毛摆动，有助痰的排出。
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小儿呼吸系统尚未发育完全，无法像成人那样将痰液有效咳出，容易滞留痰液，如果一咳嗽就给予镇咳药治疗，咳嗽是止住了，但咳嗽抑制后就使痰液更难排出，结果会堵塞呼吸道，不但使咳嗽加重，还容易导致肺部感染。
因此小儿咳嗽早期应该先进行祛痰治疗。对此易坦静效果还是很不错的。
服用方便一天两次，起效快，主祛痰缓解咳嗽。
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、注意去除或避免诱发、加重咳嗽的因素。
2、避免接触过敏原、受凉、烟雾的环境。
、对鼻窦炎可进行鼻腔灌洗、选用减充血药。
、体位变化，改变食物性状，少量多餐等对GERC有效。
、对气道异物者则应及时取出异物;药物诱发性咳嗽最好的治疗方法是停药。
、对心因性咳嗽则可给予心理疗法。
、及时接种疫苗，预防呼吸道传染病和呼吸道感染。
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